2008年國務院完成了機構改革，調整了15個機構，組建了5個大部門，減少了4個正部級機構，為“大部門制”行政體制改革進行了積極探索，取得了重要進展，積累了很多經驗。地方大部門制改革亮點閃爍，如廣東順德，浙江富陽等，但由于缺乏統(tǒng)一的制度設計與時間表，各地差異較大，地方改革呈碎片化現(xiàn)象。　　　　　

　　總體而言，大部制改革仍處于探索階段，一些深層次的問題，如機構設置不合理，職能交叉，協(xié)調機制不暢;決策權沒有與執(zhí)行權、監(jiān)督權相分離，一些部門“既當運動員又當裁判員”; 政府與市場的職能邊界不夠清晰，對微觀經濟運行管理過多過細，市場配置資源的基礎性作用難以充分發(fā)揮；社會組織和中介服務機構發(fā)育不全，政府承擔了過多的經濟社會職能，責任過大，風險過于集中；各級政府“上下職責同構”等，并未從根本上得到解決。

　　與此同時，又出現(xiàn)了一些新的問題，如一些新組建“大部門”還沒有完全實現(xiàn)從“物理組合”到“化學反應”，有的長期磨而不合，一些已明確的職責分工沒有落實到位；中央與地方改革的銜接不暢，一些地方政府“有熱情但不知怎么改”，而“先改要吃虧”的觀望和應付心理比較普遍，一些地方原已合并的部門又拆分了。

　　2008年，黨的十七屆二中全會提出了到2020年建立起比較完善的中國特色社會主義行政管理體制的總體目標。黨的十八大對深化行政體制改革、建設服務型政府作出了戰(zhàn)略部署。從現(xiàn)在到2020年還不到8年時間，深化行政體制改革時間緊、任務重。為此建議：

　　1、國務院成立超越部門利益的行政體制改革領導機構，加強組織領導和頂層設計。這個機構應具有權威性和獨立性，由國務院主要領導掛帥，作為直屬國務院、相對獨立的第三方，沒有自身利益的羈絆，站在全局高度專司體制改革，總體規(guī)劃，統(tǒng)籌推進，從根本上解決部門機構改革動力不足和部門利益阻礙改革的問題。按照建立中國特色社會主義行政體制的目標要求，以深化大部門制改革為重點，推進機構改革，轉變政府職能，優(yōu)化組織結構，理順職責關系，2013年啟動新一輪行政體制改革，制定一攬子推進機構改革和職能轉變的具體實施方案，從中央政府到地方，逐級實施。

　　2、以職能轉變?yōu)楹诵�，深入推進大部門制改革，健全部門責任體系。按照“政企、政資、政事和政社四分開”的要求，簡政放權，還權于市場，充分發(fā)揮市場在資源配置中的基礎性作用；還權于社會，發(fā)揮社會力量在管理社會事務中作用。按照“決策權、執(zhí)行權和監(jiān)督權相互分離相互制約又協(xié)調一致”的要求，科學設立決策部門、執(zhí)行部門和監(jiān)督部門。按照“政府四大職能”的要求，減少對微觀經濟社會活動的干預，強化市場監(jiān)管、社會管理和公共服務職能。

　　一是在海洋監(jiān)管領域，組建集中統(tǒng)一的海洋綜合監(jiān)督管理部門，整合相關部門的海洋管理職責，圍繞海洋權益保護、海洋資源開發(fā)、海洋航運、海洋漁業(yè)、海洋環(huán)境保護等，強化海上綜合執(zhí)法監(jiān)管，并對國家海洋經濟發(fā)展和沿海省份的工作進行規(guī)劃與指導。

　　二是在口岸監(jiān)管領域，實行口岸關、檢機構合并，進一步整合作業(yè)流程，簡化通關手續(xù)，進一步提高貿易便利化水平，真正實現(xiàn)進出口貨物“一次申報、一次交單、一次查驗、一次征稅收費、一次放行”。將在一個省域內的多個海關和檢驗檢疫機構進行整合，形成一個大關區(qū)（大檢區(qū)）。

　　三是在市場監(jiān)管領域，整合生產和流通領域質量監(jiān)管的職能，將工商、質檢、食品藥品監(jiān)管等機構合并為一個機構，徹底解決職責交叉、職能分治和責任不清、監(jiān)管缺位等問題，形成全域覆蓋、全過程監(jiān)管的格局。

　　四是在交通運輸領域，歸并公路、鐵路、航空等機構，促進交通運輸資源互聯(lián)共享、集約高效、便捷利用。

　　五是在農業(yè)領域，整合農業(yè)、林業(yè)、糧食等機構，組建大農業(yè)管理機構，統(tǒng)籌推進“三農”發(fā)展。

　　六是在文化管理領域，整合文化、廣播電影電視、新聞出版等機構，推進文化事業(yè)大發(fā)展大繁榮。