高新技術(shù)企業(yè)的綜合素質(zhì)在相當(dāng)大的程度上代表了一個(gè)國家的核心能力，大力發(fā)展高新技術(shù)企業(yè)已成為各國的共識，許多國家都制定了有關(guān)稅收政策，鼓勵(lì)科技進(jìn)步，激勵(lì)技術(shù)創(chuàng)新。我國在眾多稅收法律法規(guī)中，也制定了一系列扶持和培育高新技術(shù)企業(yè)的政策，如國務(wù)院批準(zhǔn)的高新技術(shù)產(chǎn)業(yè)開發(fā)區(qū)內(nèi)的內(nèi)資高新技術(shù)企業(yè)，減按15%的稅率征收所得稅；新辦的內(nèi)資高新技術(shù)企業(yè)自投產(chǎn)年度起免征所得稅兩年等。
正是這些政策傾斜，使得高新技術(shù)企業(yè)如雨后春筍蓬勃發(fā)展。但是這些稅收優(yōu)惠政策在實(shí)際執(zhí)行中也顯現(xiàn)一些問題：
1、高新區(qū)內(nèi)與區(qū)外企業(yè)政策不平衡。除在前述國家規(guī)定地區(qū)設(shè)立的外商投資企業(yè)外，其他高新技術(shù)企業(yè)只有設(shè)立在國務(wù)院確定的高新技術(shù)產(chǎn)業(yè)開發(fā)區(qū)內(nèi)才能享受15%的企業(yè)所得稅優(yōu)惠稅率。這種政策固然有利于高新技術(shù)企業(yè)和人才的區(qū)域性集聚，但區(qū)內(nèi)、區(qū)外企業(yè)間稅收成本的差別也影響了企業(yè)的競爭力，引發(fā)了一些高新技術(shù)企業(yè)在區(qū)內(nèi)注冊、區(qū)外經(jīng)營現(xiàn)象。
2、內(nèi)、外資企業(yè)政策不平衡。目前新辦的內(nèi)資高新技術(shù)企業(yè)自投產(chǎn)年度起免征企業(yè)所得稅兩年，而新辦的外資高新技術(shù)企業(yè)（通常是生產(chǎn)性外商投資企業(yè)）自獲利年度起享受企業(yè)所得稅“兩免三減半”的優(yōu)惠，且期滿后如仍為先進(jìn)技術(shù)企業(yè)可再減半征收三年。因?yàn)楦咝录夹g(shù)企業(yè)不可能投產(chǎn)后都能立即獲利，這樣內(nèi)資企業(yè)自投產(chǎn)年度起免征兩年企業(yè)所得稅的優(yōu)惠大多是“水中花、鏡中月”。而外商投資企業(yè)是從獲利年度起享受更長時(shí)間的減免優(yōu)惠，且獲利年度是在按規(guī)定將年度的虧損彌補(bǔ)以后才開始計(jì)算的，這樣，除軟件企業(yè)外，其他內(nèi)資高新企業(yè)的稅收優(yōu)惠政策力度都遠(yuǎn)遠(yuǎn)遜色于外商投資企業(yè)，加上外商投資企業(yè)在其他方面還存在一些優(yōu)于內(nèi)資企業(yè)的稅收政策——如工資支出可在稅前據(jù)實(shí)列支，而內(nèi)資企業(yè)除軟件企業(yè)外，其他企業(yè)要按計(jì)稅工資等政策在限額內(nèi)列支，因而內(nèi)資高新技術(shù)企業(yè)所處的不利競爭稅收環(huán)境是顯而易見的。
3、高新技術(shù)企業(yè)增值稅稅負(fù)相對偏高。由于我國目前實(shí)行的是生產(chǎn)型的增值稅稅制，企業(yè)在銷項(xiàng)稅額中只能抵扣購買原材料、動(dòng)力方面的進(jìn)項(xiàng)稅額，購買固定資產(chǎn)的進(jìn)項(xiàng)稅額不得抵扣。高新技術(shù)企業(yè)的特征則通常是在固定資產(chǎn)的投入和更新方面成本高昂，所應(yīng)用的一些高新技術(shù)也會物化在固定資產(chǎn)中，而其能耗水平和原材料消耗水平則相對較低，再加之高新技術(shù)企業(yè)具有風(fēng)險(xiǎn)投資的色彩，前期推向市場的高新技術(shù)產(chǎn)品一般定價(jià)較高，這樣就會導(dǎo)致其增值稅稅負(fù)率高于能耗和原材料消耗水平較高的傳統(tǒng)制造業(yè)企業(yè)，在特定時(shí)期還會顯著偏高。
4、個(gè)別稅收政策不利于企業(yè)的科技進(jìn)步。我國目前只允許企業(yè)按稅前扣除工資總額的1.5-2.5%扣除職工教育經(jīng)費(fèi)（江蘇省執(zhí)行2.5%的標(biāo)準(zhǔn)），內(nèi)資企業(yè)稅前扣除的工資成本因執(zhí)行計(jì)稅工資政策，其能在稅前扣除的職工教育經(jīng)費(fèi)只能按計(jì)稅工資限額計(jì)算，而高新技術(shù)企業(yè)屬技術(shù)密集、知識密集型企業(yè)，按職工人數(shù)計(jì)算出的計(jì)稅工資限額更低，由此稅前扣除的職工教育經(jīng)費(fèi)就相當(dāng)少，導(dǎo)致其職工教育經(jīng)費(fèi)有相當(dāng)比例不能在稅前扣除，挫傷了其投入職工教育積極性。
5、技術(shù)開發(fā)費(fèi)的稅收優(yōu)惠政策需進(jìn)一步管好用好。技術(shù)開發(fā)費(fèi)的稅收優(yōu)惠政策在激勵(lì)高新技術(shù)企業(yè)自主創(chuàng)新方面起著十分重要的作用，但目前執(zhí)行中出現(xiàn)兩個(gè)問題。一是部分企業(yè)的技術(shù)開發(fā)費(fèi)申報(bào)不實(shí)，在稅收管理上將其50%加計(jì)扣除由審批制改為備案制后，這方面的后續(xù)行政管理工作難度加大。二是少數(shù)稅務(wù)人員出于完成稅收任務(wù)目的，對企業(yè)報(bào)備扣除的技術(shù)開發(fā)費(fèi)提出一些不合理的要求，如，必須是開發(fā)成功的技術(shù)所對應(yīng)的研發(fā)費(fèi)用才能在稅前加計(jì)扣除，必須專門成立研發(fā)部門的企業(yè)才能在稅前加計(jì)扣除等，這些要求顯然不符合國家關(guān)于技術(shù)開發(fā)費(fèi)的一系列政策精神，也不符合技術(shù)開發(fā)活動(dòng)這一風(fēng)險(xiǎn)投資的特點(diǎn)。
針對這些問題，建議：
1、高新區(qū)內(nèi)外企業(yè)應(yīng)享受同等政策。作為這一政策的配套措施，一方面要嚴(yán)格和加強(qiáng)高新技術(shù)企業(yè)的認(rèn)定工作，對其在自有知識產(chǎn)權(quán)、高新產(chǎn)品開發(fā)和銷售比重、研究開發(fā)費(fèi)用等方面確定必備的具有一定水準(zhǔn)的條件；另一方面要求減免的企業(yè)所得稅應(yīng)用于企業(yè)的研究開發(fā)活動(dòng)和擴(kuò)大再生產(chǎn)，而不得用于稅后利潤分配。
2、內(nèi)外資高新技術(shù)企業(yè)政策要統(tǒng)一。如果該“兩稅合并”難于一步到位，可從下列兩個(gè)方面考慮對內(nèi)資高新技術(shù)企業(yè)所得稅政策作局部調(diào)整：
（1）將新辦的內(nèi)資高新技術(shù)企業(yè)免征兩年企業(yè)所得稅的政策改為從獲利年度起；
（2）如果內(nèi)資高新技術(shù)企業(yè)人員工資不可能全部直接在稅前據(jù)實(shí)扣除，可以考慮先允許計(jì)入技術(shù)開發(fā)費(fèi)的研究開發(fā)人員的工資支出在稅前據(jù)實(shí)扣除（目前需要按計(jì)稅工資政策進(jìn)行調(diào)整）。
3、改革增值稅稅制向消費(fèi)型轉(zhuǎn)型。針對高新技術(shù)企業(yè)研發(fā)投入高、附加值高、高風(fēng)險(xiǎn)的特點(diǎn)，改革目前的生產(chǎn)型增值稅稅制，向消費(fèi)型稅制轉(zhuǎn)型。在我國已在東北地區(qū)進(jìn)行的增值稅稅制向消費(fèi)型轉(zhuǎn)型試點(diǎn)的基礎(chǔ)上，可再選擇高新技術(shù)企業(yè)進(jìn)行試點(diǎn)，這樣一方面為高新技術(shù)企業(yè)的發(fā)展創(chuàng)造一個(gè)合理的外部環(huán)境，同時(shí)也兼顧國家財(cái)政的承受能力。
4、改革稅收政策，保證高新技術(shù)企業(yè)可持續(xù)發(fā)展。一是適度提高職工教育經(jīng)費(fèi)的扣除比例，二是將內(nèi)資高新技術(shù)企業(yè)職工教育經(jīng)費(fèi)的扣除比例調(diào)整為實(shí)發(fā)工資的1.5-2.5%。
5、規(guī)范技術(shù)開發(fā)費(fèi)的稅收管理。對技術(shù)開發(fā)費(fèi)的稅前扣除，可要求企業(yè)聘請中介機(jī)構(gòu)出具審查報(bào)告，作為備案資料之一，中介機(jī)構(gòu)需對其出具的報(bào)告承擔(dān)相應(yīng)的責(zé)任。采取這一措施之后，稅務(wù)機(jī)關(guān)應(yīng)減少技術(shù)開發(fā)費(fèi)的專項(xiàng)檢查次數(shù)，同時(shí)通過必要的抽查復(fù)核，對中介機(jī)構(gòu)的執(zhí)業(yè)質(zhì)量進(jìn)行監(jiān)督。同時(shí)加大對稅務(wù)人員的業(yè)務(wù)培訓(xùn)。
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