李大釗是馬敘倫早期相識的共產(chǎn)黨人之一。五四運動時期，他們都在北大任教，由于五四運動，特別是五四以后的共同斗爭，關(guān)系更趨密切。馬敘倫和李大釗一起領(lǐng)導(dǎo)了1920年北京的第二次索薪和爭取教育經(jīng)費獨立的斗爭，分別被推選為北京國立大專以上八校的教職員聯(lián)合會主席和書記。在著名的“六三”事件中，李大釗、馬敘倫和北大教授沈士遠一同走在游行請愿隊伍的最前面。在新華門總統(tǒng)府門前，他們遭到埋伏的反動軍警毆打、致傷，馬敘倫頭部的傷勢尤重，住進了醫(yī)院。長期共同的工作和斗爭，使他們結(jié)下了深厚的友誼，馬敘倫更從李大釗那里對共產(chǎn)黨人和共產(chǎn)黨人的事業(yè)有了一些了解和認識。

　　1922年夏，馬敘倫計劃出國考察教育并辦妥了有關(guān)手續(xù)，但適逢浙江省教育廳長缺任，浙江省教育界的革新派力主由馬敘倫繼任。事先雖未征得馬敘倫的同意，但在北京的李大釗和時為北大校長的蔡元培都積極支持這一推薦，馬敘倫遂取消了出國考察之行。6月，馬敘倫出任浙江省教育廳長，他立志不負眾望，“激濁揚清”改革浙江省的教育事業(yè)。

　　國民黨一大召開后確定了聯(lián)俄、聯(lián)共和扶助農(nóng)工的三大政策，國共兩黨實行第一次合作。李大釗和馬敘倫分別擔(dān)任國民黨北京執(zhí)行部的組織部長和宣傳部長，另一名共產(chǎn)黨人蔡和森被任命為秘書長。他們?yōu)樨瀼貓?zhí)行孫中山提出的由國民黨一大確定的三大政策，親密合作共事。1924年2月26日，馬敘倫、李大釗及郁達夫等47位北大教授，為貫徹三大政策，敦促政府早日和蘇聯(lián)復(fù)交，共同致函北京軍政府的外交總長。在全國輿論的壓力下，中國和蘇聯(lián)遂于5月31日簽訂了復(fù)交協(xié)議。

　　馮玉祥發(fā)動“北京政變”，馬敘倫第二次擔(dān)任了教育部次長。不久，段祺瑞當(dāng)了臨時執(zhí)政，馬敘倫原想離去，但在征得李大釗“教育部關(guān)系重大，我們不應(yīng)放棄”的意見后決定留任，并代理部務(wù)。李大釗等共產(chǎn)黨人及一些進步人士的活動自然不容于軍閥政府。一次，教育部接到一個密件，內(nèi)中引內(nèi)務(wù)部的情報說：“共產(chǎn)黨首領(lǐng)李壽常在各?；顒印保逃狂R上查辦。馬敘倫意識到“李壽常”即“李守常”（李大釗）的諧音，決心冒風(fēng)險拖延不辦，并立即通知李大釗迅速轉(zhuǎn)移，使之脫險。

　　1927年，軍閥頭子吳佩孚、張作霖相互勾結(jié)，盤踞北京，并勾結(jié)了在北京的帝國主義勢力迫害進步革命力量。李大釗不幸于4月9日被捕，同月28日為中國革命獻出寶貴的生命。這時，馬敘倫正在浙江，未能親往吊唁致哀，直到1931年回北平后，值李大釗靈柩被葬萬安公墓，馬敘倫才得以在他的遺像前灑淚致哀。

　　1948年底，馬敘倫曾作詩歌謳李大釗。詩曰：唯物史觀論較新，李君物望冠人倫；縱教柴市成仁去，無限青年認理真。